5ちゃんねる ★スマホ版★ ■掲示板に戻る■ 全部 1- 最新50  

■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています

バイオインフォマティクスを教えて下さい 10

1 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/09/23(水) 16:53:25
いつのまにか消えていたので立ててみました。
1 名前:みなしごEST 投稿日:2001/05/05(土) 10:47
色々と教えてください。
669 名前:名無しゲノムのクローンさん メェル:sage 投稿日:03/06/23 22:38
(前略)
それなりに異質な分野なせいなのか、断続的に新しい読者が来て、そのたびに
「今まで誰も語っていないようだが(と本人は思っている)、バイオインフォ
とやらに物申す!」みたいになるのは理系専門板的には正直つらいっす。
過去スレ、テンプレートは下記
http://tokyufubai.exblog.jp/9003941/
http://chirop.seesaa.net/article/128672730.html


2 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/23(水) 17:27:35
森下先生ですか?

3 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/09/23(水) 21:32:27
3

4 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/24(木) 12:31:42
4様

5 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/09/26(土) 20:28:20
五右衛門

6 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/28(月) 21:24:42
六星占術
h ttp://members.at.infoseek.co.jp/yuhtaaaa/

7 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/28(月) 22:13:50
七人の侍

8 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/28(月) 22:29:05
八ッ場ダム

9 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/28(月) 22:35:53
九州大学

10 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/29(火) 12:14:35
なるほど

11 :名無しゲノムのクローンさん:2009/09/30(水) 09:10:43
森下先生

http://image.blog.livedoor.jp/naomix00gold/imgs/7/5/75695539.jpg

12 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:22:07
959 名前:名無しゲノムのクローンさん []: 2009/09/27(日) 21:42:21
情報専攻から院でバイオインフォ専攻に進学したけど
生物の知識が全く身につかず、結局データベース処理系の論文書いて修了した
ぶっちゃけ情報の知識はほどほどで良くて、生物、化学、物理の知識が重視されるなら
情報出身歓迎と書かないで欲しい
実験方法なんて紙上でしか見た事ないから具体的なやり方なんぞ知らんし
ある程度、生物学者が扱える計算機のツールが揃ったならば情報出身はいらないだろうし
こういう処理をするツールが欲しいと言うリクエストには答えるけど
生物学者並の知識を求められるのはきつい

けど今ではもう分野が人気なくて研究者達は焦っていると聞いたけど
ヒトゲノム解析時がピークだったのかな…


960 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/27(日) 21:55:01
>>959
リクエストに応えるだけなら研究者である必要はないですな。


13 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:23:06
961 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/27(日) 22:02:50
情報系出身の知人が新領域の情報生命に進学したら、
Dの人の雑用でその人が使うツールをひたすら作らされ、
生物学の知識皆無な状態なのに生物学の専門用語を連発されて、
ブチ切れて半年で学校辞めて、結局自大の研究室に戻ってた。
自分の研究をしようと思っても、生物学、バイオインフォの知識は皆無で
研究テーマが見つからず、とりあえずお勉強って事で教授の研究のお手伝いという事になってくると
何をしに大学院に行ったのか分からなくなると思うけど、こいつが現状な気がする。
結局、バイオインフォの研究って何やってんだろ。


962 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/27(日) 22:13:33
主な研究

配列アラインメント
遺伝子発見
ゲノムアセンブリ
タンパク質構造アラインメント
タンパク質構造予測
遺伝子発現とタンパク質間相互作用の予測
進化のモデリング

ターゲットが決まったら、データベースを使用してちょいちょいとプログラム書いて
結果を出して、論文にまとめて提出という流れ。


14 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:24:38
964 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/27(日) 22:34:29
出た後どうするんだ、という問題は残るな
一時期群がって来た人たちが去って、真剣な研究者だけが残るのを待ったほうがいいかも
って学生さんに言っても仕方がないかw

968 名前:名無しゲノムのクローンさん []: 2009/09/28(月) 00:55:45
>>961
バイオインフォの研究室は多くが放任主義で研究テーマも自分で決めるのが普通。
生物の勉強だってセルなどで自習するもんだろ。
せっかくの放任主義なのに「研究テーマが決められない→誰かの研究の手伝いをさせるしかない」というのは当然の流れ。

969 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/28(月) 01:11:39
放任主義って、全くの畑違いからすると
実は自立的にやっていく機会を失う可能性が大きいんだけどな。
しかも、放任と言っても完全に自由なわけじゃなくて、適度に口だしするわけでしょ?
それは、研究のプロセスを一度も積んで来なかった入門者には辛い。

最初は、誰かにくっつけて研究のプロセスを学んでから
自分の研究をやるべきだよ。

15 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:25:32
970 名前:名無しゲノムのクローンさん []: 2009/09/28(月) 01:26:00
>>969
言っていることは分かるが、全くの畑違いからわざわざ行こうとするくらいなんだから
事前に生物もバイオインフォマティクスもある程度は勉強して
その研究室の人の論文も読んでいるはずだろ??
教えられるのを待っているのはそもそも研究者としての素質が問われるよ。
それに教える側(先輩)としても負担が大きい。
そんな奴が入ってこなければ放任主義の中自分の好きなテーマを追求してられるわけだったんだから。


971 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/28(月) 02:11:21
>>961の書き方を見ると修士みたいなので、「放任だから」では通らないかと
そもそも「放任」という言葉自体、都合のいい言い訳として使われることのほうが
はるかに多いわけだし(>>968がそうだと言っているわけではない)


972 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/09/28(月) 06:36:49
自分でガンガン情報を仕入れていけない人はダメってことですな

16 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:27:11
996 名前:名無しゲノムのクローンさん []: 2009/10/01(木) 01:33:41
>>971
同意。
どの大学出身でも、修士で入ってきた人間、それも他専攻から移ってきた人間に、
「うちは放任主義だから、自分でテーマ見つけて勝手にやってね」と言うのは酷だ。
俺の周りの人間みても、放任でやっていける修士の学生なんて皆無だぞ。
>>969が言うように、最初は誰かくっつけて生物学を学ませつつ仕事させるのが良いと思う。
>>970はもし大学の教員だとしたら教育者には向いてないと思われ。
研究所の研究員として、一人でやってるならいいけど。
たぶん学生さんなんだろうが。

998 名前:名無しゲノムのクローンさん [sage]: 2009/10/01(木) 07:05:47
研究と教育の問題があるんだね。
学ぶ側は最低限何をしっていればいいですか?
そして最低限何を学ぶべきですか?


17 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/01(木) 19:42:12
前回までのあらすじ

放任主義者は教育者には向いていない。

おわり


18 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/10/01(木) 22:07:01
なるほど

19 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/02(金) 19:14:29
放任主義者は任期付きの職の人でしょうか?
結果とか論文とか出さないと次がないから、
学生の教育なんて自分のためにならないことをやっている暇はないということでしょうか?
だったらある程度理解できる。

パーマネントな職でありながら、
学費を収めている学生を放置プレイする教授がいたら、
問題あるとおもうけど。


20 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 01:43:46
1.自分の思索にふけったり自分でプログラム書くのに忙しい
2.どうせ修士学生なんて就職活動したら研究なんか進むわけないから
好きにやってもらう
3.本当は懇切丁寧に指導したいが、人付き合いがニガテなので
世代のことなる他人とのコミュニケーションに自信がない
4.自分が大学院生時代に過干渉されてウザかったので、そういう
教員にはならない、と決めた
5.自分も放任主義でここまで出世したので、放任こそが最大の
研究者育成、と思っている

さあどれでしょう

21 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 01:45:50
うちは2だな
就活やります→あっそで放置開始

22 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 01:59:06
>>21
就活したがってラボに来たくない学生に、あれこれ
指導して、赤原とかパワハラとか言い出されると
めんどくさいからな

>>19
大学院は自らが自立的に学問を修め極める機会を
与えつつ学生の自主性を最大限に尊重するところ
専門学校でも就職予備校でもありません

23 :前スレの968&970:2009/10/03(土) 02:34:47
おお、久々に見に来たら自分の書き込みに関連した話題が伸びてるとは!

「修士にテーマを与えないのは教育放棄」のように反論がなされているが、
では東大・京大のバイオインフォの研究室で放任主義でない研究室なんてあるのか?
俺の経験してきた研究室はすべて修士も研究テーマを自分で決めるものであった。
確かにきついとは思うが、その苦悩の中で這いあがってくることこそ研究者の素質をつけるいい方法だと思う。
また自分が経験してきた研究室がよかったのは、修士の学生であっても教授らスタッフと対等の関係で議論できたことだ。
もし与えられたテーマをこなすだけの研究室なら「先生は無条件に偉い」とされ、学生は下に見られてしまうだろう。
対等の関係でディスカッションできるからこそ研究の面白味がわかってくる。
放任主義であるからこそ、研究は自己責任であり、そのおかげで一人の研究者としてみなしてもらえる。
それを忘れてはいないか?


24 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 02:51:24
研究者養成と教育は違う、という反論が常にある・・・
うちの大学院では、大学院生がそう言い出さないように
学生募集要項公開直前に、大慌てでアドミッションポリシーを
改正する、という一幕があった。

アドミッションポリシーにちゃんと明文化しておけば、
それを読まずに入った香具師がアホ、ということになる。

それにしても烏賊権の大学院教育ポリシー、ひどい文章だな。

「教育機関としての特徴は、研究者を目指す大学院学生が中心であり、
教員は学部学生に対する講義や実習の義務が少なく、研究室での指導
に専念できることにある。また、学生も教員も、多様な学問的背景と
興味をもつ人々が、研究室の垣根を越えて盛んに交流していることも、
大きな特色であろう。これらの人的条件と、優れた研究環境とを活か
して、以下に述べるような特色ある教育制度も機能している。」


25 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 02:58:09
九州大 システム生命科学府のアドミッションポリシー

「本学府では,多様な専門分野の学部卒業生や,社会人,
留学生を対象にして,時代の変遷を一層促すような総合
的分野を開拓しようとする意欲あふれる人を受け入れ,
社会の要求に堪えうる独創性と柔軟性に富む研究者,
高度な技術を持つ専門職業人としての人材を育成します。」

こういう教育の目的がしっかりしている文章がよいアドミッ
ションポリシーと思います。

26 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 03:25:22
そういえば大石と高田も死亡

27 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/03(土) 10:57:06
>>23
「放任主義」にもいろいろある、というだけのことでは
「放任」を謳いつつ都合のいいところで「先生は無条件に偉い」としている研究室もある
個人的には「専門学校でも就職予備校でもありません」と極論に走る>>22などは正直危ない気がする

28 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/10/04(日) 18:11:25
そうですね

29 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/04(日) 21:01:04
>>22
うちは陰湿でほぼ無視状態になってるけどね。
こっちも騒ぎはしないので、邪魔はしないでくれって思ってるし
放置でいいです。まあ指導と言っても、指導という名の研究雑用
と成果吸い上げだし、放置の方が精神的に良いなあ。

30 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/04(日) 22:05:52
放置されていてまともな論文書ければいいけど、
修了不可みたいにならないの?


31 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/04(日) 23:24:02
矢野健太郎先生はガチですごいyo

32 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/05(月) 13:24:05
数学者?漫画家?

33 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/06(火) 17:57:39
>>30
そんなやつは自分からやめていくからいいんじゃないの

34 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/06(火) 19:22:27
>>33
きびしいね。
かなり高い実力がないと一人ではやっていけないと思う。
放置プレイの研究室だらけならバイオインフォは専攻しない方がいいかもね。
修士中退だと就職できないし。

35 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/06(火) 21:07:19
院に進学する前に自分の適性や能力をもう少し冷静に分析判断してほしいもんだ。

36 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/06(火) 21:30:37
それは教員のほうにも…

37 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/06(火) 23:18:39
無能な教員に無能な院生・・・・・・・・・オワタ

38 :前スレの968&970:2009/10/07(水) 01:03:58
もし>>27>>29のように放任主義がうたわれていて
結局最後の最後で学生の業績を横取りするような研究室があればそれはひどい。
しかし、自分が体験してきた東大・京大の研究室ではそういうのはなかったので安心してよい。

>>30 >>34
2年もあるのだから放置の中もがきながらそれなりの結果を出して修士を修了する学生が大部分。
ただし苦悩の中大半は1〜3か月研究室の全く来なくなるのもよくある光景だ。
(実際にバイオインフォの研究室の人に聞いてみればいい。)

あくまで「それなり」であるので>>12の全スレ959のように大した進展もない研究になる者も多い。
だが、バイオインフォの研究は自己責任のものであるので修士の成果として
“自分がどれくらい勉強したか”を示せればそれで十分。
これによって得られる論理的思考力や知識は半端ではない。

この辺りが研究室から与えられた研究をこなしている場合との違いよ。
つまり与えられた研究とは研究室の研究であって、自分の研究ではない。
与えられた研究にはほとんどの場合前任者から引き継いだテーマをこなし、
続きを後任者に任せるだけのもの。
そんなバケツリレーの中で何を得るというのか。

ちなみにバイオインフォの研究室の大半が放任主義なのは京大出身者が多いためかと俺は思う。

39 :あぼーん:あぼーん
あぼーん

40 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/07(水) 19:27:11
>>38
京大卒の先生の研究室は危ないと言うことですね。
研究室を選ぶときの参考になりました。

>>38さんは教える側かもしれないので質問です。
比較ゲノムに興味があるのですが、
単細胞の緑藻類(例えばクラミドモナス)と系統樹上進化したとおもわれる
多細胞の緑藻類(例えばボルボックス)のゲノムを比較した場合、
細胞の分化とか、単細胞が多細胞になる機構はどの程度明らかにできるものなのでしょうか?
植物の二次代謝物質が特定の細胞でしか作られないと授業で聞いたので、
植物の細胞の分化に興味があります。

またコケ植物と維管束のある植物を比較した場合、
維管束の主成分のセルロースの合成に関係する遺伝子群がわかるものなのでしょうか?

アレイとかのデータと比較するとか、ゲノム情報、cDNAのデータベース等の比較をバイオインフォ的には
どうやるのでしょうか?
気が向いたら教えてください。長文すいません。



41 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/07(水) 21:55:18
自分でテーマを考えて実験している学生にありがちなのは、
他人(メンター・教員・先輩)からの助言を聞かずに
ひとりよがりでつっぱしること。
謙虚さと学ぶ態度がある人は、独立独歩で自分で本質を
考えつつ、いろいろな人から助言をもらって、どんどん伸びる
と思う。

そうでない場合は、結局、自分の楽なこと、楽しいこと、得意
なことばかりを反復するだけで、学問としても薄っぺらいし、
論理構成も穴だらけのしょうもない修士論文と、肥大した自我が
できあがるだけ、の気がする。特に二流以下の大学院の院生や
ロンダの子にその傾向がつおい気がする。

42 :コンフォリアリヴ木場公園反対:2009/10/07(水) 22:29:13
なるほど

43 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/07(水) 22:30:16
人から助言を請うって大事だよなあ
それはよく思う

44 :財前ファンド:2009/10/08(木) 01:52:47



45 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 04:14:44
放任主義のラボのほうがいい、っていう学生の中には、
「他人からの批評や批判や助言を受けたくない」っていう
学生が、これまた相当数まじっている気がするね。
学生同士の会話を聞いていても
「おまえの研究テーマすげーな」
「いや、おまえのテーマのほうこそ面白いよ」
とか誉めあってて、キショいときがある。

46 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 09:45:53
まあ、「放任がいいか悪いか」じゃなくて、それを運用する人の問題なんだよな
あんまり放任を正当化するのも、逆に何が何でも放任がダメだというのも、どっちも
ちょっと違うんじゃないかという気がする

47 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 13:52:05
精神的なバランスの取れたボスや教員が居ればどっちだって構わないと思うが、
もしもボスが糞だったら、それだけで終わってる。

48 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 15:39:17
>>23
KOのインフォ系はかなりキツイ。というか完璧自己責任。自分から
動かなかったら放置もいいとこ。ただし、テーマ決めは自由だし、
論文書き、学会発表は妥当であればいくらでもやらせてもらえるし、
補助もある。自分からガシガシ学べる能力とコミュニケーション能力が
あって生き抜ければ、リターンはそれなりにあるとこだな。
ただし、屍も多い。

49 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 19:42:43
>>48
↓屍?
35過ぎてポスドクや任期付き助教やってるやつ
http://science6.2ch.net/test/read.cgi/life/1251933827/


50 :前スレの968&970:2009/10/08(木) 21:40:28
>>38
俺がこれまでいってきたことが伝わってない・・・。
俺は放任主義派なので京大出身の先生の研究室の方が好きなのだが。
それと君のような”教えてください君”が放任主義の世界に入るとやばいと繰り返し言っているつもりだったのが。

研究室を選ぶ際になんとなく「○○がおもしろそうだ。」と曖昧なことを考え、
「研究室に入ればやり方を教えてもらいながら成果が出せる」と妄想してしまうのは危険なのだ。
君は今のままの姿勢でバイオインフォの研究室に入ってもろくに何もできずに終わることだろう。
先生には何もしていない状況に文句を言われ、「○○の研究をしたい」と言っても
「じゃあ、すれば。何でしないの。」と突き放されることだろう。
最終的には>>12>>13のようになってしまうと思われる。

どんな研究室の雰囲気を考えているのか知らないが、
実際は一人ひとり仕切られたスペースでパソコンのキーボードをたたく音しかしない研究室ばかりだ。
書き方から察するに植物の実験系の研究室に今いるようだが、
バイオインフォの世界は実験系のように和やかではないぞ。
やり方は教科書や論文を読みあさることで身につけるものだ。
プログラム未経験でも丁寧には教えてもらえない。

と言いつつ、冷たいのも何なのでちょっと自分の考え方を。
>コケ植物と維管束のある植物を比較した場合、
>維管束の主成分のセルロースの合成に関係する遺伝子群がわかるものなのでしょうか?
これはなんとかできそうな気がする。(傾向が分かる程度だが)
俺は植物専攻ではないので詳しくは知らないが、普通に比較ゲノム的にできそうと思われる。
過去の論文でどの程度分かっているか調べた方がいい。
もうやられているかもしれないので。

ちなみに俺は純粋な生物研究から文献・画像抽出の分野に移ってしまった。
ネットから大量に入手できる論文の図表から特定のオルガネラを示しているものだけを抽出する技術など。
実験生物出身だったが情報科学寄りの方が自分に合っている気がするので。

51 :前スレの968&970:2009/10/08(木) 21:41:31
>>45
バイオインフォの世界でよくみられる光景だw
学会なんてまさに褒めあいの世界。

しかし、もし与えられた研究をこなしていた場合ポスター発表で学生の話を聞いても
台本を棒読みした感じのもので面白くない。
ちょっとその研究の背景や別方面の話を振ってみても「分からない」としか答えが返ってこない。
で、「誰に指導受けているのか」と聞くのと「△△先生」と答えられ、結局その先生を捕まえて聞く始末。
これがバイオインフォの学会だとポスター発表ですら学生は力がこもった説明を楽しそうにしてくれる。


52 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 21:56:55
きみは放任を擁護しすぎで気持ち悪い
放任=悪とはいわないが、きみからはかなり自己弁護臭を感じる

53 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/08(木) 22:08:10
> これがバイオインフォの学会だとポスター発表ですら学生は力がこもった説明を楽しそうにしてくれる。

なんか宗教っぽいなw

54 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/09(金) 01:21:58
放任の良し悪しじゃなくて、それが自分の適性と合致するかどうかの話だな。

55 :雪票(Excel):2009/10/09(金) 18:12:50
効いた!

56 :ブランズ文京東大前反対:2009/10/09(金) 22:23:31
56

57 :ブランズ文京東大前反対:2009/10/12(月) 12:50:04
57

58 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/13(火) 12:23:31
バイオインフォ初学者ですが、いったい何をやればいいのやら

59 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/16(金) 02:18:04
Understanding Bioinformaticsを読もう
Mountの本は糞

60 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/16(金) 12:30:51
なるほど

61 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/16(金) 16:12:28
Mount本は唯一邦訳ありのバイオインフォ専門書だから日本では高評価だけど、
後発の良書が多数ある米国ではワーストブックにカウントされていることも事実

62 :ブランズ文京東大前反対:2009/10/18(日) 17:24:50
勉強になりました。

63 :ブランズ文京東大前反対:2009/10/21(水) 20:45:21
63

64 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/21(水) 22:25:41
マウントの英語意味わからん

65 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/24(土) 23:20:38
>>64
そのまま「据え付ける」だぞ
むかしはHDでも本当にディスクドラムをHD本体(洗濯機そっくり)に据え付けて使ってた
その名残でmountって言うんだよ
正式にはsoftware mountじゃなかったか

66 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/24(土) 23:41:02
そういう意味じゃないのではw
Mountの本の英語の質が悪い、という意味だと思ったのだが

67 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/25(日) 00:56:14
なるほど

68 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/25(日) 09:38:40
うっおれもmountの説明をしようとしてしまった。
あぶないあぶない

69 :ブランズ文京東大前反対:2009/10/25(日) 12:13:26
69

70 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/27(火) 07:29:57
>>64-65
ワロタw

71 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/27(火) 07:32:02
マウントの本は10位か

http://www.amazon.com/s/ref=nb_ss?url=search-alias%3Daps&field-keywords=Bioinformatics

72 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/28(水) 17:21:29
>>65
知らんかったわ

73 :名無しゲノムのクローンさん:2009/10/30(金) 12:26:52
私も知りませんでした

74 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/02(月) 22:14:42
74

75 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/05(木) 20:51:09
75

76 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/08(日) 22:03:46
>>40
ここに張り付いている人たちは、

1.論文全体を理解せずに文献抽出で知識が身についたと錯覚している
2.情報系の資格も無い上にまともなコードも書けず、システム設計もできない
3.出来合いのソフトウェアを走らせることはだけはできるが、プログラムをきちん
と理解していないために出力結果を正しく解釈できない
4.学生の指導法を知らない、または指導できるだけのノウハウもないだけなのに放
任主義を自負している
5.周辺分野は何処も相手をしてくれないので、内輪の学会もどきでクネクネ

以上の要件を満たした香ばしいバイオパフォマティシャンだから、ここで碌な回答は
得られないだろう。
君の質問に明快に回答できるようなヒトは、 恐らく掲示板閲覧で時間を浪費するこ
とは許されていない。

77 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/08(日) 22:09:44
そんだけ長文書くんなら答えてやれよw

78 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/08(日) 22:25:04
たぶん>>76>>40本人
自分も答えないくせに答えない住人を批判するのは、たいてい質問者本人

79 :76:2009/11/09(月) 00:28:17
>>40
ほら、このように(苦笑)。
ちなみにバイオパフォマティシャンとは、バイオインフォマティクスから派生した、自己弁護と自己欺瞞、および保身のための他者の誹謗中傷に関する技術に特化した集団であり、京大(と東大)の某教授のグループを中心に発展した。
前述の4点の他の、彼らの際立った特徴としては、学術論文が皆無であることなので、見分けるには難しくないだろう。

80 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/09(月) 02:03:01
だから答えてやれよw

81 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/09(月) 12:33:43
そうですね

82 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/12(木) 12:26:51
82

83 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/14(土) 20:17:54
このスレを見ている人はこんなスレも見ています。(ver 0.20)
【サビ残過労死】ビバホーム7【内部告発】 [家電等量販店]
理研が嫌いな人が集まるスレ [理系全般]

84 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/16(月) 19:39:27
私は高卒のプログラマーです。
バイオインフォマティクスに興味を持ちました。
皆さん、どんな教科書を使ってバイオインフォマティクスの勉強をされていますか?
オススメの本があればご紹介願います。
よろしくお願いします。

85 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/16(月) 22:54:20
>>84
あるけど、専門外の人はちんぷんかんぷんだで。
あと有望じゃないよ、この分野。
まだ若そう?だし、止めた方がいいよ。

86 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/18(水) 17:49:51
そうかも

87 :84:2009/11/18(水) 18:51:28
アドバイスどうもありがとうございます。
バイオインフォマティクスだけでは食っていくのが難しいのでしょうか?
他の分野もやりながら、並行してやってみます。

セルイラストレーターというソフトを知って、ゲームを作るよりも面白そうだと思いました。
ゲームは架空の世界の話でしかないけど、バイオインフォマティクスで作っているシミュレーターは本物の対象を題材にしてるから面白そう。

とりあえず「はじめてのバイオインフォマティクス」という本を買ってきました。

http://weblearningplaza.jst.go.jp/cgi-bin/user/top.pl?next=course_list&type=simple&field_code=34
↑ネットの無料講座も見つけたので、勉強してみます。

88 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/18(水) 23:19:27
>>87
http://d.hatena.ne.jp/Hash/

このブログ、参考になるからも


89 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/19(木) 01:18:34
>>88
この方、バイオインフォではなく、コンサルに就職したんじゃなかったっけ?

90 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/20(金) 20:55:21
40

91 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/24(火) 01:33:43
読んでおこうねシリーズ

1. マウント本
2. The CELL
3. Genome
4. 何でも良いのでプログラミング言語の入門書
5. 何でも良いのでデータ構造とアルゴリズムの本
6. An Introduction to Bioinformatics Algorithms

これくらいの知識がないとやっていけない事に気がついた

92 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/24(火) 09:46:18
もっておこうねスキル

1. JAVA/C++
2. Perl/Python
3. R
4. コミュニケーション

93 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/25(水) 20:56:03
93

94 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/28(土) 07:05:55
いまだにPerlか

95 :ブランズ文京東大前反対:2009/11/28(土) 19:42:01
95

96 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 00:11:18
>>94
情報畑の人はRubyの方が楽だって言うけど、どうやって学べばいいか分からん
この手の本(http://www.amazon.co.jp/dp/4627845014)のRuby版って洋書だったらあるのかな

97 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 00:15:15
Rubyなんかやるなら普通にJavaやっとけ

98 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 00:21:19
Javaでテキスト処理とかできるの?

99 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 01:37:58
ブレンド2杯もおかわりして、マックから帰ってきた。

>>98
テキスト処理ができない言語なんておれは知らないな。

>>96
rubyよりjavaの方が参考図書が充実してるから、プログラムの経験が少ないのだったら
javaからでいいと思うよ。
rubyもオブジェクト指向だから、javaでオブジェクト指向の考え方を身につけてから
rubyにトライしたらいい。

100 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 10:50:56
そもそも数行の書き捨てのスクリプトにOOなんか必要ない。
その程度の仕事は全部perlでやればよい。
その他はJavaでいい。
Rubyの必要な仕事などであったことが無い。
企業では未だにVBとかが席巻してるし。


101 :名無しゲノムのクローンさん:2009/11/30(月) 12:00:15
ファッションだから

102 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/01(火) 01:44:53
確かにアカデミアのファッション的なこだわりはウザイ
お勉強はいいから納期守ってさっさと実用になるコード書けってことだよ
言語がどうとかOOがどうとか言ってる奴ほど使えない

103 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/01(火) 01:46:27
>>99

>>>98
>テキスト処理ができない言語なんておれは知らないな。

つC

104 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/01(火) 12:12:13
>>102
おされなマックでおされな言語で難解な概念をうっとり夢想するのがバイオインフォです。
コーディングはITドカタの仕事です。

105 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/01(火) 18:15:53
>>104
釣りだろうけどそんなこと言ってるから就職できないんだよ。

106 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 00:06:56
まじで書いてたんだったら何らかのコンプを感じるねw

107 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 00:34:55
>>100,102
まあ、たしかに言語を過剰に意識するレベルを越えて、どの言語でも自分で調べながら
組めるようにならないと仕事にならないが、プログラムの経験が少ない人が
どの言語から始めるのか気にするのもわかるのでアドバイスした。

>>103
C 使ったことがないのか?
それ言いだすと複数の言語がテキスト処理できないって話になるよ。

108 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 00:41:04
テキスト処理に長けている、テキスト処理はできるけど苦手で分類したがいいかもね

109 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 00:53:20
その言語でテキスト処理がしたいか、したくないか、で分けるのもいいかもね
おれもCでテキスト処理はしたくない

110 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 17:51:49
>>107
プログラミングビギナーが最初に気にするのは、その言語がどれだけ使えるか、じゃないか?
簡単な問題から難しい問題まで守備範囲が広く、広く普及していて廃れそうになく、しかも習得に時間がかからない。
まずはperl以外ないやろ。
それで仕事進めつつ、JavaとかC++とか問題に応じて手を伸ばしていけばいい。

111 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 18:52:02
メーカーならVB最強

112 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 19:02:31
企業就職したければVB
アカデミアならperl
ってこと?

113 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/02(水) 19:09:36
>>112
それは無いだろw
どっちもいろんな言語を使えたほうがいいことは間違いない。
JAVAは特にいいよ。
しかしRubyはアカデミアの一部と趣味以外では需要ないんじゃない?

114 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/02(水) 21:26:15
Rubyはパフォーマンスに難がありますね

115 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 00:27:14
中途半端にオブジェクト指向使うんなら最初からJAVAに取り組んだほうがいいよ

116 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 08:25:18
もうバイオインフォマティクス疲れた

117 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 17:41:45
>>107
> C 使ったことがないのか?
> それ言いだすと複数の言語がテキスト処理できないって話になるよ。

Cのファイル処理は初心者にとっては特に面倒だろうよ。
よっぽどスピード重視しない限り、perlでOK.

118 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 21:08:07
rubyってオリジナリティー無いよね
まねっこのまねっこ

119 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 23:20:14
もともとCは文字列扱いたくない言語だからなぁ

120 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/03(木) 23:40:10
Cで文字列配列あつかうとメモリリークが・・

121 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 00:11:19
ほしゅ

122 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 01:31:43
>>120
> Cで文字列配列あつかうとメモリリークが・・

メモリ管理出来ないなら、C使わない方がよい。
ポインター使いこなせないならPerlにすべき。
Cはよっぽどスピードが欲しい時以外は、ファイル処理に使うべきじゃない。

123 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 01:36:30
ファイル処理ってなあに?w

124 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 10:03:07
テキスト処理の間違いだろ
Cの仕様がテキスト処理に関してはあまりにクソだったのでawk等が作られた
そもそもプログラマにメモリ管理を強いる仕様がクソ

125 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 10:04:18
俺はメモリ管理ぐらい出来る、と言い張る奴に限ってメモリリークで死にまくりプログラムばかり作る
死ねといいたい

126 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 10:21:42
>>125
なのでJAVAが作られたんだよね?
馬鹿にこそOO言語が必要?

127 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 22:26:58
GoogleのGoが成熟すればC/C++から解放されますね><

128 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 23:17:14
Cを礼賛する連中はいろんな意味でアセンブリプログラマを見習うべき

129 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/04(金) 23:54:57
もうそろそろお腹いっぱい。

>>128は一番痛いw

130 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/05(土) 00:35:34
ネタにマジレスかっこ悪いw

131 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/05(土) 20:52:39
そうだね

132 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/09(水) 21:27:20
基本情報技術者を表計算で受けようと思ったけど、javaにしとくぜ。

ネタが続いて、さっぱりバイオインフォマティクスの勉強になったぜ。

133 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/09(水) 21:40:35
良かった

134 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/12(土) 11:16:05
134

135 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/12(土) 23:49:35
ちんぽっぽ

136 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/18(金) 23:28:00
136

137 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/22(火) 12:09:47
137

138 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/24(木) 08:08:33
医師不足

139 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/25(金) 23:13:33
そうですね

140 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/26(土) 08:59:47
Introduction to Bioinformaticsの第三版、翻訳してくれないかしら?

141 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/26(土) 11:17:42
製薬会社勤めです。Wetからバイオインフォマティクスの部署に異動になったので、勉強用に何かよい洋書を教えてください。
日本語ならMountの2版を持ってますが、最新の情報もおさえておきたいので。
IntroductionとかEssentialとか目次をみてみましたが、目新しくはなかったです。




142 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/26(土) 18:27:57
>>141
横から質問だが、バイオインフォの仕事が増えてきたから
異動になったんですか?景気はどうかと。。

143 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/26(土) 19:13:21
バイオインフォに左遷されたとかだったら悲しいよね。
営業とか管理職へのフラグとか。

144 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/28(月) 21:06:36
悲しいですね

145 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/29(火) 00:17:04
141です。
中堅なので今までちゃんとした部署ではなかったのです。
今回部署を新設するにあたって増員予定なので、もともと希望してた私に声がかかりました。
キャリア採用もしてるし、左遷とかでは決してないよ。

あんまり洋書は読んでないんだね。

146 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/29(火) 16:32:05
最新の情報を得るのに本を読む人は(洋書だろうが和書だろうが)あまりいないからなあ
普通は論文を読む

147 :ブランズ文京東大前反対:2009/12/31(木) 10:30:22
そうですね

148 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/31(木) 15:15:57
>>145
キャリア採用の情報をおしえて。

149 :名無しゲノムのクローンさん:2009/12/31(木) 23:54:08
149

150 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/03(日) 12:38:34
150

151 :sage:2010/01/04(月) 11:10:12
バイオインフォマティクスの本を読むんじゃなくて
systems biologyの本とか構造生化学の本とかintrinsic disorderの本とかを
読むのはどうでしょうかね

152 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/08(金) 15:30:58
       ::                .|ミ|
        ::               .|ミ|           ::::::::
         :::::     ____ |ミ|          ::::
           :: ,. -'"´      `¨ー 、       ::
   ::        /   ,,.-'"      ヽ  ヽ、    ::
   ::     ,,.-'"_  r‐'"     ,,.-'"`     ヽ、 ::
   ::   /    ヾ (    _,,.-='==-、ヽ         ヽ、
   ::   i へ___ ヽゝ=-'"/    _,,>         ヽ          ←大原 圭子 
   ::   ./ /  > ='''"  ̄ ̄ ̄               ヽ 
  ::   / .<_ ノ''"       ヽ               i            
  ::   /    i   人_   ノ              .l
  ::  ,'     ' ,_,,ノエエエェェ了               /
    i       じエ='='='" ',              / ::
    ',       (___,,..----U             / ::
     ヽ、         __,,.. --------------i-'"  ::
      ヽ、_   __ -_'"--''"ニニニニニニニニヽ   ::
         `¨i三彡--''"´              ヽ  ::  
          /                      ヽ ::             
         /                     ヽ::

153 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/08(金) 15:31:55
>大原圭子
daresore

154 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/08(金) 17:08:09
無職の女だろ

155 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/08(金) 19:39:04
これか?

http://www.google.com/search?hl=ja&lr=lang_ja&ie=UTF-8&oe=UTF-8&q=%E5%A4%A7%E5%8E%9F%E5%9C%AD%E5%AD%90&num=50

156 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/08(金) 22:12:47
156

157 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/09(土) 07:18:12
コピペに反応して、
個人名の晒し上げイクナイ

158 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/10(日) 03:27:35
ヒートホーク

159 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/11(月) 00:06:04
>> 141
製薬でそういう部門ができたのなら
バイオインフォの本ではないがModern Applied Statistics with S とかどうですか。
そのうちデータのなんでもやさんになると思う。

160 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/11(月) 18:43:57
そうですね

161 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/16(土) 11:44:10
RNAにシフトしてんじゃねーぞ?

162 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/16(土) 15:05:35
そうだね

163 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/17(日) 16:38:52
http://2chcopipe.blog122.fc2.com/blog-entry-3177.html

164 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/17(日) 20:32:18
曖昧すぎてよくわからない学問…。

癌患者の何に貢献できるんですか??
創薬のどこの部分に貢献できるんですか??

165 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/17(日) 20:45:28
何もできません
諦めてください

166 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/21(木) 07:30:02
残念ですね

167 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/24(日) 09:29:42
そうですね

168 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/24(日) 14:31:56
168

169 :かずさDNA研究所、オワタ:2010/01/26(火) 09:52:23
第三セクター「かずさアカデミアパーク」破綻…負債額57億6900万円 - 千葉
http://tsushima.2ch.net/test/read.cgi/newsplus/1264422415/l50

千葉県が35.9%を出資し、ホテルやスポーツクラブなどを経営する
第三セクター「かずさアカデミアパーク」(木更津市、相原茂雄社長)が25日、
千葉地裁に民事再生法の適用を申請し、経営破綻(はたん)した。負債額は57億6900万円。

県は80年代前半、バイオ関連企業や研究施設を丘陵地約273ヘクタールに誘致する
構想を策定。成田空港周辺の開発、千葉市の幕張新都心開発と並ぶ3大プロジェクトの
一つとして、これまでに基盤整備費など約500億円を投資した。ところが、
誘致が進まず、立地企業は計画段階も含め現時点で15社。分譲・賃貸する企業用地
149ヘクタールのうち約44%が手つかずとなっている。

三セクは91年に設立されたが、立地企業からの協力金が十分集まらず、05年に
債務超過となり、金融機関から借り入れできなくなった。以後、県は運営資金として
毎年3億〜5億円を貸し付けてきたが、存続は困難として10年度の貸し付けを
しないことを決めた。貸付残高は17億3900万円。

*+*+ 毎日jp 2010/01/25[21:26:54] +*+*
http://mainichi.jp/select/jiken/news/20100126k0000m040073000c.html

170 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/27(水) 01:49:53
>>169
これ、研究所はどうなるのかな。

171 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/27(水) 01:51:44
浮いてえいっ先生涙目

172 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/27(水) 11:17:22
研究学園都市とか産学連携とか云うなら、せめて木更津の市街の空き地に新設バイヲ系私大と合わせて建設すべきだろ
長浜バイヲ大みたいなのとキャンパスを隣接しなきゃ
歩いて呑み喰いにもイケナイ隔離施設なんて誰も逝きたくない。

いまのかずさアカデミアパークぢゃただの荒野の真ん中の基地外収容所だよw


173 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/28(木) 05:23:30
ホテルオオクラにはギリギリ歩いていけたよ。
鉄板焼きとか中華とか

174 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/29(金) 12:28:21
そうですか

175 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/29(金) 13:53:45
かずさ難民大量発生ですか?!
場違いのK久件もポスター出すようだし、
こりゃあ、今年の植生は阿鼻叫喚の図絵に...

176 :名無しゲノムのクローンさん:2010/01/29(金) 15:30:12
かずさDNA研究所には難民大量発生になるほどたくさんの研究者いるの?
民主党の仕分け作業で研究費の規模がどこも縮小しているからですか??
その植物生理学会とやらののレポートをキボンヌ(古っ)。


177 :ブランズ文京東大前反対:2010/01/29(金) 21:06:28
どうでしょう

178 :名無しゲノムのクローンさん:2010/02/01(月) 21:32:36
178

179 :ブランズ文京東大前反対:2010/02/06(土) 17:14:44
179

180 :名無しゲノムのクローンさん:2010/02/10(水) 12:26:14
541 :革命的名無しさん:2010/02/09(火) 18:58:44
新基地建設が建設されようとしている海は、絶滅が危惧されているジュゴンの生息する海です。
08年1月24日、アメリカ連邦地方裁判所において、沖縄ジュゴン米国NHPA(文化財保護法)
訴訟につき勝訴判決が下されました。 判決は、米国防総省が、普天間代替基地の建設にあた
りジュゴンに対する配慮を行っていないこと、従って、現状においては、米国文化財保護法違
反であると、明確に判断したものです。
また、この判決は、被告等に対し、90日以内に、ジュゴンに対する配慮を行っていく前提として、
所定の情報を書面で裁判所に提出するよう求めており、裁判所は、今後も、国防総省らがジュ
ゴンに対する配慮を適切に行っていくのかどうかを見守ることになります。
裁判を中心的に担ってきた、籠橋弁護士に判決の意義と経緯、これからの動きなどをお話し
ていただきます。

181 :ブランズ文京東大前反対:2010/02/10(水) 21:34:20
181

182 :ブランズ文京東大前反対:2010/02/16(火) 07:28:27
182

183 :ブランズ文京東大前反対:2010/02/19(金) 22:23:09
183

184 :ブランズ文京東大前反対:2010/02/23(火) 20:14:47
学生 研究 処理 バイオインフォ 言語 ゲノム 放任

185 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/02(火) 21:55:59
放任 論文 言語 処理 クローン 修士 バイオインフォ

186 :名無しゲノムのクローンさん:2010/03/05(金) 21:30:49
外注すればOK!

187 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/06(土) 20:27:29
そうですね

188 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/10(水) 20:43:37
学生 放任 クローン バイオインフォ 研究 ゲノム 修士

189 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/14(日) 15:27:27
189

190 :名無しゲノムのクローンさん:2010/03/14(日) 15:30:46
メチル化アレイをやってますか?

191 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/19(金) 21:52:38
やっていません

192 :名無しゲノムのクローンさん:2010/03/20(土) 00:28:25
ブランズ文京東大前反対は真性ですか?

193 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/24(水) 21:46:29
そうです

194 :名無しゲノムのクローンさん:2010/03/24(水) 23:44:10
仮性だと手術に保険が摘要されないけど、
真性だと保険が使えるらしいよ。

195 :ブランズ文京東大前反対:2010/03/28(日) 20:54:38
なるほど

196 :名無しゲノムのクローンさん:2010/03/29(月) 06:22:44
仮性包茎は厚生省が健康保険の適用を認める「治療が必要な病気や症状ではない」ということです。
真性包茎で、とくに包皮の出口が非常に狭く排尿に支障をきたす場合は、乳幼児でも手術が必要です

197 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/10(土) 14:40:35
なるほど

198 :ブランズ文京東大前反対:2010/04/13(火) 10:38:06
198

199 :ブランズ文京東大前反対:2010/04/17(土) 16:22:23
| 誹謗中傷禁止
| 荒らしはスルーで
|  さあ語れ〜              ,
\                         ,/ヽ
   ̄∨ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄         ,/   ヽ
   ∧_∧          ∧∧  ,/         ヽ
  ( ´∀`)         (゚Д゚,,),/            ヽ
  (    )      (|  つ@               ヽ
  | | |   ___ 〜|  |                ヽ
  (__)_) |――|.  ∪∪                     ヽ
   ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄ ̄|                 ヽ
  /⌒\/⌒\/⌒\/⌒\|彡~゚ ゜~ ~。゜ ~ ~ ~ ~~ ~ ~~ ~ ~~ ~~ ~~
  ⌒\/⌒\/⌒\/⌒\/⌒\彡 〜 〜〜 〜〜 〜〜 〜 〜



200 :40:2010/04/17(土) 16:57:53
つれますか?

Macbookproが新しくなったので、購入を検討しています。
Macbookproでバイオインフォマティクスを勉強したいのですが可能でしょうか?
13インチと15インチのどちらがよいでしょうか?
Macで基本的なバイオインフォのやり方を教えてください。
よろしくお願いします。


201 :それがジャパニーズ・バイオインフォのクオリティー:2010/04/18(日) 13:45:50
>>200
君が「釣れる」、と思う理由を、カーネル法でクラスタリングし、その結果をパスウェイにマッピングしたものをデータベースとして公開したことを、(国内で開催されるときの)GIWで報告せよ。

202 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/18(日) 14:31:08
意味不明なんですが、
わかりやすく教えてください。

203 :それがジャパニーズ・バイオインフォのクオリティー:2010/04/18(日) 15:19:44
>>202
パスウェイとは、分野一般には代謝経路図のことだが、和製バイオインフォ業界ではKEGG/PATHWAYのことだ。
その他キーワードはググるべし。
それ以外は仕様書読むべし(そんなものあるかは知らないが)。
そこから得られるもの以上を先輩方に期待してはいけない。彼らの情報源もそこだから。
和製バイオインフォは学生の放任・放置が基本です。

204 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/18(日) 19:11:53
理由をカーネル法でクラスタリングから解説お願いします。
言語の様な理由をクラスタリングするにはどのような方法があるのですか?
論文とかからテキストマイニングするみたいな方法があるのですか?
概念からわかりません。

理由を箇条書きでいくつもあげて、似てるもの同士を仲間にする。
パスウェイにマッピングとありますが、釣れる理由の既知のマップがあるのでしょうか?

205 :それがジャパニーズ・バイオインフォのクオリティー:2010/04/19(月) 06:43:45
>>204
>l 1-4
…そこは君の着想の独自性をアピールするところだろう?君の頭は伊達帽子の台の役割だけか?
まず、個々の理由に関連がある要素を考え、項目ごとに点数化する。これはアンケート調査手法と同様だ。
カーネル法だが、基礎線形代数の初めに、群のKernelとImageって習ったろ?零元の逆射像。それを生成する関数によって、要素の次元を落とすんだ。
これは、多次元データをクラスタリングするときの球面集中現象の軽減のためだが、
それ以上の理論的事項は和製バイオインフォでは必要ないし、助教クラスの指導者も知らないから安心しろ。
プレゼンのときにはこの辺の事情や使ったプログラムのパラメーター・仕様、コンピューターのスペックを、さも知った風に時間一杯長々と話すのがコツだ。
肝腎の結果はちょっとでいい。なぜならみんなそういうプレゼンだから。
パスウェイは前に言ったように生体分子のマップだから、さっきの理由を無理矢理神経関連物質か何かに関連づけてパスウェイマップにマップする。
ここは論理が飛躍していてもよろしい。生物の専門家はいないので、この点でつっこまれることはない。
パスウェイは大もと(マスター)となるデータベースなので、このマップ操作をバイオマスターベーションという。
すると、何か生物的な知見が分かったような気になって気持ちいいから不思議だ。
後はさっき言ったやりかたで発表でお茶を濁せば、君も一人前の和製バイオインフォマティシャンとしてJSBi系の集会でくねくねできる。
BIO-CERTとか取って、利権拡大に寄与してくれるとさらに麗しい。
ただし、間違ってもムラから出て、情報系とか生物・医学系の専門学会で発表しようとするなよ?
死ぬほど恥ずかしいから。

206 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/19(月) 19:10:29
なるほど

207 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/19(月) 21:22:40
PCとか苦手な友達が生命情報(バイオインフォマティクス)行きたいって言ってんだけど、この学問は遺伝子好きなだけでなんとかなるの?
本人は治そうって気がないっぽいんだけど

208 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/19(月) 21:30:37
やってりゃ慣れるけど、すぐ飽きるよ

209 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/20(火) 09:46:01
>>207
生物系はそんなんばっか。
D2あたりでドロップアウトするのがわんさか。
ほっとけばいいよ。

210 :ブランズ文京東大前反対:2010/04/22(木) 23:01:12
そうだね

211 :ブランズ文京東大前反対:2010/04/25(日) 13:58:43
キーワード【 放任 学生 クローン 生物 論文 言語 バイオインフォ 】

212 :名無しゲノムのクローンさん:2010/04/29(木) 14:48:10
212

213 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/01(土) 16:23:10
213

214 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/05(水) 15:55:27
214

215 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/09(日) 14:30:46
215

216 :名無しゲノムのクローンさん:2010/05/09(日) 15:53:49
たしかに生物屋が来ても最初だけ真新しさに感動するだけで
すぐに飽きるなぁ。
生物屋は数学が分からないから、実験やってた頃の遺伝子・タンパク質の
データ集めてきて統計学の教科書にある数式にっその数式の意味すら分からずに
値を代入して、何か結果が出たと言っているだけ。
そんなの数カ月で飽きるよ。
数学が越えられない壁として立ちはだかってしまう。

217 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/13(木) 20:55:04
そうですね

218 :名無しゲノムのクローンさん:2010/05/15(土) 10:01:23
KEGG/PATHWAYを使えば、代謝ネットワークがスケールフリーである図を作ることができるんでしょうか?
あのデータベースをみても代謝のマップの絵はだせても、どうしても、
ネットワークのcytoscapeでネットワーク図を書けるようなテキストデータを落とすことができません。。そういうもんなんでしょうか?
分野が結構はなれているものでよくわからなくて。申し訳ないです。


219 :218:2010/05/15(土) 10:02:28
ネットワークのcytoscape→ネットワーク可視化ソフトのcytoscape

220 :名無しゲノムのクローンさん:2010/05/16(日) 01:14:55
>>218
KEGG APIを使ってPerlなんかでデータを取ってくるのです。

KEGG API日本語マニュアル
ttp://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_manual_ja.html

221 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/16(日) 11:50:14
なるほど

222 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/19(水) 21:23:49
 「合格通知が来たけど...えっ?不合格?...これはまた、ずい
ぶんとレベルの高い試験だったのね。試験問題は、国語と数学に
関してはむしろ、期待していたよりはずっと簡単だと思ったけど...」

 執事は薄笑いを浮かべながら答える。
「お嬢様もほんとうに騙されましたな。実はあの講座は、MHKの俳優
としてこの国に滞在している在日外国人たちの資金稼ぎの場として
利用されておりまして、お嬢様のように俳優をやっていない人は、まず
受け容れてもらえないとあらかじめ相場が決まっていたのですよ。」

 「まあ、そうなの?だけど、この国の税金を投入して行っている
講座なのに、真面目にSEやプログラマーになる気もないくせに
「名前だけ」受講するというわけなの?それってほとんど詐欺だわね。
信じられないわ。」

 「まあ、テレビ業界で俳優をやっている連中が、全国的に支援金
詐欺をはたらいている、ということですよ。

 実は、お嬢様とご一緒に受験なさったおかたがたは、共通一次
世代の人々の脳のコピーを移植されてそれなりに神妙に振舞って
はいたものの、実は全員、日本語の読み書きすら満足に出来ない、
戸籍も持たないしがない外国人サイボーグ俳優か、もしくは日本語
の読み書きは出来るものの数学の基礎知識すらない古代日本人
サイボーグで、戸籍を持つ日本人になりすまして、俳優業のための
資金稼ぎをしている、というわけです。

223 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/22(土) 21:31:40
223

224 :名無しゲノムのクローンさん:2010/05/27(木) 22:01:27
224

225 :ブランズ文京東大前反対:2010/05/30(日) 15:26:42
225

226 :名無しゲノムのクローンさん:2010/05/30(日) 16:20:43
オープンソースで学ぶバイオインフォマティクスのサポートサイト
http://itoshi.tv/d/images/20080325_1.png
campus gif
http://www19.atpages.jp/imagelinkget/get.php?t=v&u=www.kanazawa-u.ac.jp/j/info/access/100YenBus/campus.gif
040117semi jpg
http://hitech-d.iwate-med.ac.jp/hi-tech/log/040117semi.jpg
1080003 jpg
http://www.my-pharm.ac.jp/~satoj/1080003.jpg
bioinfo cover jpg
http://www.yodosha.co.jp/bioventure/bioinfo/bioinfo_cover.jpg


227 :名無しゲノムのクローンさん:2010/06/02(水) 11:24:44
書き込めるのだろうか

228 :名無しゲノムのクローンさん:2010/06/04(金) 22:04:54
>>226
なんで角間キャンパス……つか、これは現在の地図か。

229 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/05(土) 14:55:36
229

230 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/10(木) 21:50:40
230

231 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/13(日) 16:40:43
231

232 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/16(水) 20:46:39
 こうなったら、名前だけの資格が求められる世界より、純粋に出来
るか出来ないかが問題とされる世界に行ったほうがいいわね。プロ
グラミングも、きちんとOS上で問題なく動作するプログラムが作れるか
否かが問題なわけだし、むしろ数学の問題を解くように、理路整然と
した、正しいか間違っているかの二つの選択肢しか存在しない二元論
的な世界だから好きなのよ。

233 :名無しゲノムのクローンさん:2010/06/17(木) 21:58:27
博士必須

234 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/19(土) 15:58:40
そうだね

235 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/26(土) 23:01:24
235

236 :ブランズ文京東大前反対:2010/06/30(水) 23:11:55
キーワード【 東急不動産 バイオインフォ 生物 言語 修士 放任 ゲノム 】

237 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/03(土) 19:11:19
キーワード【 裁判 東急 閉館 東急不動産 リバブル 欠陥 計画 】

238 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/07(水) 21:27:25
 「そ!つまるところこれがあたしたちの父親のポリシーなの。まあ
そうね、本松イズムとでも呼んで頂戴!

 だからこそあたしたちにとっては、エリザベスみたいな、この考え方を
真っ向から否定する合理主義者たちが邪魔なのよね。だから、あの手
この手で陥れては潰そう潰そうとしてるってわけ!!」


 その様子を見ていた執事は呆れたようにつぶやく。
「やれやれ、あの本松の娘たちですが...相変わらず物凄い考え方
ですな...理由はどうあれ、社会にとってはいい迷惑以外の何物でも
ありませんが。

 まあしかし、そんな馬鹿馬鹿しい理由で、エリザベスお嬢様をろくに
勉強もしていない怠惰な女どもと取り替えよう、なんて本気で言い出す
人もいるくらいですから、同じ論理をあてはめるならば、こんな恐ろしい
世の中になる日もそう遠くはないかもしれませんな。」

239 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/11(日) 18:14:48
239

240 :名無しゲノムのクローンさん:2010/07/13(火) 16:53:59
言語を学ぶならJavaとperlでおk?

241 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/15(木) 22:38:23

 特に高校時代は辛かったわ。一学年230人中女子は30人しか
いないという特殊な環境で、まるで男みたいに勉強していたの。毎日の
ように先生方が、君たちは市内でも選りすぐりの精鋭たちで、有名大学
に進学して国家のために頑張ってくれるものと皆期待している、是非
精進してくれたまえ、みたいな態度をとるの。少しでも気を抜けば成績が
がた落ちするわ。高校なんて、青春を楽しむべき場所だと思っている人
は少なくないようだけど、私にとっては、「楽しむ」どころじゃなかったわね。

 それと引き換え、大学はちょっと変だったけど...思えば不可思議な
出来事ばかり起きたし、どう考えても、実験動物にでもされていたと
しか思えないようなところもあったわ。

242 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/18(日) 17:07:02
242

243 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/22(木) 23:37:59
243

244 :名無しゲノムのクローンさん:2010/07/25(日) 19:39:04
まあ分かってると思うが放任はでたらめ。
普通はテーマはもらえる。
そうじゃないとラボの業績が上がらないからな。

245 :名無しゲノムのクローンさん:2010/07/25(日) 19:44:05
>>240
RubyとPHPとSQLもやっておけ。
データベース作る時に役立つ。
作れるような業績が出せればだが。


246 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/27(火) 21:29:49
そうですね

247 :ブランズ文京東大前反対:2010/07/31(土) 17:05:50
247

61 KB
■ このスレッドは過去ログ倉庫に格納されています

★スマホ版★ 掲示板に戻る 全部 前100 次100 最新50

read.cgi ver 05.04.00 2017/10/04 Walang Kapalit ★
FOX ★ DSO(Dynamic Shared Object)